Die Aktion findet 1584 in Moskau statt und beginnt einen Streit in der Boyarsky-Duma: Mikhail Nagoy, der Bruder von Zarin Maria Fedorovna, plädiert für einen Platz bei Saltykov und zieht die verbleibenden Bojaren in Swara. Zakharyin-Yuriev, der Bruder der Frau des ersten Zaren, bricht Streitigkeiten ab und spricht über die Wichtigkeit, ihren Fall zu sammeln: John, der nach dem Mord an seinem Sohn von Reue gequält wurde, beschloss, den klösterlichen Rang einzunehmen, und wies die Duma an, einen Nachfolger zu wählen. Inzwischen "kämpfen Feinde von allen Seiten gegen Russland", in dem es um Pest und Hungersnot geht. Prinz Mstislavsky spricht in seiner Entscheidung von der Zähigkeit des Königs. Nagoya bietet dem jungen Dmitri Zarewitsch die Königin und gegebenenfalls den „Herrscher“ an, zu dem er bereit ist; Sitsky - Zakharyin, der sich mit nichts befleckt hat. Zakharyin spricht für Ivan Petrovich Shuisky, der jetzt im belagerten Pskov sitzt.
Der König wird jedoch sofort gebraucht. Zakharyin bittet Godunov um Rat, der sich nicht auf Orte festgelegt hat und sich bescheiden unten niedergelassen hat. Er beschrieb ausführlich die nicht beneidenswerte Position des Staates, spricht von der Unmöglichkeit, den König zu einem solchen Zeitpunkt zu wechseln, und fordert die Bojaren auf, John zu bitten, auf dem Thron zu bleiben. Sitsky erinnert sich an die Gräueltaten des Zaren und versucht vergeblich, die Bojaren aufzuhalten. Sie gehen zum Zaren und entscheiden auf dem Weg, wer sprechen wird, und schüchterner souveräner Zorn. Godunov geht das Risiko ein. John, der bereits in eine schwarze Soutane gekleidet ist und den Hut von Monomakh abgenommen hat, wartet im Schlafzimmer auf die Entscheidung der Bojaren und beklagt sich über die Erinnerung an den letzten Schurken. Ein Bote kommt aus Pskow, den der Zar zunächst auf den "neuen Herrn" bezieht. Als er dann hört, dass die Nachricht freudig ist, hört er eine Geschichte über das Spiegelbild der Angriffe und Baturs Rückzug aus Pskow. Er erhält einen Brief von Kurbsky, in dem er dem Zaren eine unangenehme Silbe vorwirft, mit der schnellen Eroberung von Pskow droht, viele von Johns Gräueltaten die Ursache seiner gegenwärtigen Niederlagen nennen und sich giftig an seine Entfernung aus dem Geschäft erinnern. John ist wütend, denn nachdem er alle Verwandten Kurbskys zerstört hat, ist er machtlos, sich über irgendjemanden zu ärgern. Die Bojaren kommen, denen der König in großer Verärgerung begegnet. Nachdem er eine kurze Rede von Godunov gehört hat, setzt er Monomakhovs Hut auf, wirft den Bojaren vor, die ihn dazu gezwungen haben, und küsst Godunov, der kühne und freche Reden "zum Wohl des Staates" hielt. Die Abwesenheit von Sitsky bleibt nicht unbemerkt, und der Zar, der nicht auf die Fürsprecher hören will, befiehlt die Hinrichtung.
In den königlichen Gemächern von Goduns erwartet Zakharyin John, und Godunov sagt, dass der König, der sich von der Königin scheiden lassen will, die Nichte der englischen Königin umwirbt. Der empörte Zakharyin fragt, wie Godunov versucht hat, John davon abzubringen, und erhält die Antwort, dass er John nur auf Umwegen beeinflussen kann. John kommt herein und berichtet über den Aufstand in den polnischen Truppen in der Nähe von Pskow und über die Erwartung eines Botschafters aus Warschau, der seiner Meinung nach um Frieden gebeten hat. Er befiehlt Zakharyin, die Menschen über diese Nachricht zu informieren. Er fordert Godunov auf, mit dem englischen Botschafter die Bedingungen für die bevorstehende Ehe zu besprechen. Er versucht, für die Königin einzutreten und erhält eine wütende Rüge voller Drohungen. Allein gelassen wirft Godunov sich die gezeigte Freundlichkeit vor und lehnt es ab, das Gewissen der Sache vorzuziehen. Im Haus von Vasily Ivanovich Shuisky verschwören sich die Bojaren Mstislavsky, Belsky und die Nagoy-Brüder, um Godunov zu zerstören. Sie beschließen, die Irritation des Volkes auszunutzen, um Godunov die Schuld an allen Problemen zu geben, und Shuisky bietet Mikhail Bityagovsky an, den Plan zu erfüllen. Er verpflichtet sich, das Volk zu rebellieren und ihn zum Töten anzuregen. Belsky schlägt vor, Prokofy Kikin dafür zu schicken. Godunov kommt. Die Gäste zerstreuen sich hastig. Godunov beschwert sich bei Shuisky, dass er in der Duma nicht geliebt wird. Shuisky versichert ihm seine Disposition und Unterstützung und geht, plötzlich vom Zaren einberufen. Godunov, der mit Bityagovsky allein gelassen wurde, entdeckt seine vollkommene Bekanntschaft mit seinen Absichten und schickt ihn, indem er ihm mit beispiellosen Hinrichtungen droht, auf dieselben Plätze, um die Menschen gegen Shuisky und Belsky zu überzeugen, die „den König mit Gift vergiften“ wollen.
In der Zwischenzeit befiehlt die Zarin der Mutter des Zarewitsch nicht, andere zu ihm kommen zu lassen, und insbesondere Godunow vertraut sie nur Nikita Romanovich Zakharyin. Zakharyin kommt. Die Königin erzählt ihm von den Gerüchten im Palast und fragt, ob ihr Verdacht nicht wahr ist, dass der König sie bei Demetrius lassen will. Zakharyin bittet sie, für alles bereit zu sein, der Zar, nicht zu streiten und Godunov zu vertrauen. John kommt mit Godunov und wartet darauf, dass sich die Königin verkleidet, hört auf die Bedingungen des englischen Botschafters und fragt nach den Polen, die nach Garabourd angekommen sind. Er fragt sich, welche Länder Polen für den Frieden verspricht, und will nicht auf die Ängste über den Zweck dieser Botschaft hören. Die Königin, die eingetreten ist, kündigt die bevorstehende Scheidung an. Dimitri verspricht das Erbe der UGLICH und droht ihm nach Anhörung der Fürsprache von Zakharyin mit Hinrichtung. In der Thronkammer empfängt John den polnischen Botschafter in Garaburda. Die Forderungen von Batur sind so demütigend (Smolensk, Polozk, Nowgorod und Pskow aus dem livländischen Regiment herauszuholen und Polen nach Polen zu bringen), dass der Zar mit einem allgemeinen Murmeln in Wut gerät und, nachdem er die Einladung des polnischen Königs zu Kampfkünsten gehört hat, seinen Botschafter mit Hunden jagen und ihn werfen wird Axt. Garaburda merkt an, dass John die Nachrichten über die Zerschlagung der russischen Regimenter an der Grenze, über die Einnahme von Narova durch die Schweden und ihren gemeinsamen Feldzug mit Batur in Nowgorod nicht kennt und, nachdem er John ein Treffen mit dem König in Moskau versprochen hat, geht. Godunov, der hereingelaufen ist, bestätigt alle Botschaften von Garaburda, aber der Zar befiehlt, falsche Boten aufzuhängen und in allen Kirchen siegreiche Gebete zu sprechen.
Auf dem Platz in Zamoskvorechye ist die Menge vor dem Lagerhaus besorgt, empört über den Preis des Brotes, die Gerichtsvollzieher, die Bestechungsgelder annehmen, und die Tatsache, dass der König die Täter nicht hinrichtet. Kikin erscheint, als Fremder verkleidet, beschuldigt Godunov und bezieht sich auf Gottes Zeichen "ein blutiger Schwanzstern". Er sagt, er habe in Kiew ein Wunder gesehen: das Sophia-Kreuz in Flammen und die Stimme, die Godunov zum Aufstehen aufruft. Stimmen zur Verteidigung von Godunov sind zu hören, Stimmen, die die Verteidiger schlagen wollen, und schließlich die Stimme von Bityagovsky, der im Kaftan mit einem gelöschten Lied auf den Lippen weit offen ist. Er sagt, dass Shuisky und Belsky den König vergiften würden, aber Godunov warf dem Hund den vergifteten Kuchen zu. Wenn Bityagovsky über einen Wanderer, der ein Wunder gesehen hat, ratlos ist, nennt er ihn beim Namen und sagt, dass er absichtlich geschickt wurde. Grigory Godunov erscheint und kündigt an, dass Boris Godunov alle Vorräte aus seiner eigenen Schatzkammer aufkauft und sie morgen bargeldlos verteilen wird. Die Leute eilen zu Kikin. In den königlichen Gemächern betrachten die Königin, Godunovs Schwester Irina und seine Frau Maria den Kometen. Der König sieht sie von der Veranda aus an. Die Weisen und Zauberer wurden dazu gebracht, herauszufinden, wofür der Komet war. John erscheint und erklärt, dass er das Zeichen verstanden hat: Der Komet kündigt seinen Tod an. Er bittet die Königin um Vergebung und ruft die Magier an, um den Zeitpunkt des Todes genau zu kennen, um nicht ohne Reue zu sterben. Sie nennen Kirillin Tag. Auf Wunsch von Zar Godunow liest er die Synode, in der seine Opfer aufgeführt sind, John ergänzt die Liste. Ein Butler kommt aus Sloboda mit der Nachricht, dass der Palast an einem Wintertag durch einen Blitzschlag niedergebrannt wurde. Erschüttert bittet John alle um Vergebung, betet leidenschaftlich und fragt Fedor, wie er regieren wird, aber Fedor bittet darum, jemand anderen in das Königreich zu bringen. Sie bringen zwei Briefe: über die Annäherung des Khan an Moskau und den Aufstand um Kasan. Sie bringen einen Schemnik mit, der seit dreißig Jahren in Abgeschiedenheit lebt. John, der mit ihm allein gelassen wird, spricht von dem Unglück, das Russland widerfahren ist, und sucht Rat. Der Schaltplan ruft viele Menschen auf, die dem Feind standhalten können - sie werden alle vom König zerstört. Er spricht von einem Prinzen, aber der Prinz ist tot. Nachdem John den Intriganten geführt hat, zwingt er die Bojaren von Mstislavsky, Belsky, Zakharyin und Godunov, das Kreuz zu küssen, damit sie Fedor dienen, und der fünfte ernennt Ivan Petrovich Shuisky, wenn er in der Nähe von Pskov überlebt. Er schickt Botschafter nach Litauen, um unter den demütigendsten Bedingungen Frieden mit Batur zu schließen. Er glaubt, dass Batur nach seinem Tod noch mehr verlangen wird, und wünscht sich mit seiner unerhörten Demütigung, für Sünden zu büßen.
In Cyril ist der Tag des Königs besser. Godunov ruft heimlich die Hexen an und sie sagen, dass der Tag noch nicht vorbei ist. Godunov wird vom kaiserlichen Thron vorhergesagt, die drei Sterne, die ihn von der Größe des Sterns trennen, und sein mysteriöser Hauptgegner werden erinnert ("schwach, aber mächtig - unschuldig, aber schuldig - nicht er selbst", "getötet, aber lebendig"). Dr. Jacobi kommt und antwortet Godunov, dass der Zar vor Irritation geschützt werden muss, und dafür nennt Belsky die Trottel. Godunov akzeptiert Bityagovsky und findet heraus, dass die Menschen gegen Shuisky und Belsky verbittert sind. Währenddessen untersucht John die Schätze und sucht nach Geschenken für die englische Königin und Braut. Ein Narr dreht sich in der Nähe des Königs, Trottel in den benachbarten Kammern warten auf ein Zeichen. Am nächsten Tag ernennt der Zar die Hinrichtung der Könige und sendet Boris, um sie ihnen bekannt zu geben. Er ist triumphierend, aber misstrauisch und anfällig für Irritationen; Nachdem er mit Belsky Schach gespielt hat, lässt er den König fallen. Godunov kehrt zurück und verkündet, nachdem er den König mit bedeutungsvollem Schweigen in Raserei versetzt hat, die Antwort der Magier, dass ihre Wissenschaft zuverlässig ist und dass Kirillin den Tag noch nicht vergangen ist. Wütend nennt John Godunov einen Verräter, beschuldigt ihn eines Versuchs in seinem Leben, ruft die Henker und fällt. Allgemeine Verwirrung. Der König ruft den Beichtvater, die Bojaren - Ärzte, die fälschlicherweise Trottel führen. John stirbt. Die Leute auf dem Platz schreien, dass der König von Shuisky und Belsky belästigt wurde, und der verwirrte Fedor vertraut Godunov Erklärungen an. Godunov schickt die Bojaren ins Exil, Mstislavsky, den Bityagovsky zusammen mit Nagy der Unruhe beschuldigt, ins Kloster Nagih - zusammen mit Tsaritsa und Demetrius an die UGLICH. Fedor umarmt schluchzend Godunov. Die Leute auf dem Platz loben beide.