März 1865. In den Vereinigten Staaten fliehen während des Bürgerkriegs fünf Draufgänger-Nordländer vor den Südländern von Richmond vor einem Ballon. Ein schrecklicher Sturm wirft vier von ihnen an das Ufer einer unbewohnten Insel in der südlichen Hemisphäre. Der fünfte Mann und sein Hund verstecken sich im Meer vor der Küste. Dieser fünfte - ein gewisser Cyres Smith, ein talentierter Ingenieur und Wissenschaftler, Seele und Anführer einer Abteilung von Reisenden - hält seine Gefährten unwissentlich mehrere Tage lang in Spannung, die weder ihn noch den ihm gewidmeten Hund Top finden können. Der ehemalige Sklave leidet am meisten, und Smiths jetzt treuer Diener ist der Neger Nab. Im Ballon befanden sich auch ein Kriegsjournalist und Smiths Freund Gideon Spilet, eine sehr energische und entschlossene Person mit einem brodelnden Verstand; Seemann Pencrof, ein gutmütiger und abenteuerlustiger Draufgänger; Der fünfzehnjährige Harbert Brown, der Sohn des Kapitäns des Schiffes, auf dem Pencroff segelte, blieb eine Waise, auf die sich der Seemann als seinen eigenen Sohn bezieht. Nach einer anstrengenden Suche findet Nab endlich seinen unerklärlich geretteten Gastgeber, eine Meile von der Küste entfernt. Jeder der neuen Siedler der Insel hat unersetzliche Talente, und unter der Führung von Cyres und Spilet versammeln sich diese tapferen Menschen und werden zu einem vereinten Team. Zuerst rüsten Siedler mit Hilfe der einfachsten Mittel, die dann zur Verfügung stehen, um in ihren eigenen kleinen Fabriken immer komplexere Arbeits- und Haushaltsgegenstände herzustellen, ihr Leben aus. Sie jagen, sammeln essbare Pflanzen, Austern und züchten dann sogar Haustiere und betreiben Landwirtschaft. Sie beherbergen sich hoch im Felsen, in einer Höhle, die vom Wasser befreit ist. Dank ihrer Fleißigkeit und Intelligenz wissen die Kolonisten bald nicht mehr, dass sie Nahrung, Kleidung, Wärme und Komfort benötigen. Sie haben alles außer Nachrichten über ihre Heimat, über deren Schicksal sie sich große Sorgen machen.
Einmal kehren sie zu ihrer Wohnung zurück, die sie Granitpalast nennen, und sehen, dass Affen im Inneren herrschen. Nach einiger Zeit springen die Affen wie unter dem Einfluss wahnsinniger Angst aus den Fenstern, und jemandes Hand wirft die Strickleiter, die die Affen ins Haus erhoben haben. Im Inneren finden die Menschen einen anderen Affen - einen Orang-Utan, den sie behalten und Onkel Jupe nennen. In Zukunft wird Jupe ein Freund, Diener und unverzichtbarer Helfer für die Menschen.
An einem anderen Tag finden Siedler im Sand eine Kiste mit Werkzeugen, Schusswaffen, verschiedenen Geräten, Kleidung, Küchenutensilien und Büchern in englischer Sprache. Siedler fragen sich, woher diese Kiste kommen könnte. Aus der Karte, die auch in einer Box erschien, geht hervor, dass sich neben ihrer Insel auf der nicht markierten Karte die Insel Tabor befindet. Der Seemann Pencrof will unbedingt zu ihm gehen. Mit Hilfe seiner Freunde baut er einen Bot. Wenn der Bot fertig ist, machen sie zusammen eine Testreise um die Insel. Währenddessen finden sie eine Flasche mit der Nachricht, dass der Schiffbrüchige auf der Insel Tabor auf die Rettung wartet. Diese Veranstaltung stärkt Pencroffs Vertrauen in den Besuch einer Nachbarinsel. Pencrof, der Journalist Gideon Spilet und Harbert setzen die Segel. In Tabor angekommen, entdecken sie eine kleine Hütte, in der nach allen Angaben seit langer Zeit niemand mehr gelebt hat. Sie verteilen sich auf der Insel und hoffen nicht, einen lebenden Menschen zu sehen, und versuchen, zumindest seine Überreste zu finden. Plötzlich hören sie Harbert schreien und eilen ihm zu Hilfe. Sie sehen, wie Harbert mit einer Art Affenkreatur kämpft. Der Affe entpuppt sich jedoch als wilder Mann. Reisende binden ihn und transportieren ihn auf ihre Insel. Sie geben ihm ein separates Zimmer im Granitpalast. Dank ihrer Aufmerksamkeit und Besorgnis verwandelt sich der Wilde bald wieder in einen zivilisierten Mann und erzählt ihnen seine Geschichte. Es stellt sich heraus, dass er Ayrton heißt, ein ehemaliger Verbrecher ist, das Duncan-Segelschiff in Besitz nehmen wollte und sich mit Hilfe des gleichen Rückstands der Gesellschaft in ein Piratenschiff verwandelte. Seine Pläne waren jedoch nicht dazu bestimmt, wahr zu werden, und als Strafe wurde er vor zwölf Jahren auf der unbewohnten Insel Tabor zurückgelassen, damit er seine Tat verwirklichen und für seine Sünde büßen konnte. Der Besitzer des "Duncan" Eduard Glenarvan sagte jedoch, dass er eines Tages nach Ayrton zurückkehren würde. Die Siedler sehen, dass Ayrton seine vergangenen Sünden aufrichtig bereut, und er versucht, ihnen in jeder Hinsicht nützlich zu sein. Daher neigen sie nicht dazu, ihn wegen Fehlverhaltens in der Vergangenheit zu beurteilen und ihn bereitwillig in ihrer Gesellschaft zu akzeptieren. Ayrton braucht jedoch Zeit und bittet daher um eine Gelegenheit, in der Koralle zu leben, die die Siedler in einiger Entfernung vom Granitpalast für ihre domestizierten Tiere gebaut haben.
Als der Bot nachts von Tabor Island zum Sturm zurückkehrte, wurde er durch ein Lagerfeuer gerettet, das, wie sie dachten, diejenigen, die darauf segelten, ihre Freunde anzündeten. Es stellt sich jedoch heraus, dass sie daran nicht beteiligt waren. Es stellt sich auch heraus, dass Ayrton keine Flasche Notiz ins Meer geworfen hat. Siedler können diese mysteriösen Ereignisse nicht erklären. Sie neigen zunehmend zu der Idee, dass neben ihnen auf der Insel Lincoln, als sie ihn tauften, noch jemand lebt, ihr mysteriöser Wohltäter, der ihnen in den schwierigsten Situationen oft zu Hilfe kommt. Sie begeben sich sogar auf eine Suchexpedition in der Hoffnung, seinen Wohnort zu finden. Die Suche endet jedoch ohne Erfolg.
Im nächsten Sommer (denn seit Ayrton auf ihrer Insel aufgetaucht ist und bevor er ihnen seine Geschichte erzählte, sind bereits fünf Monate vergangen und der Sommer ist vorbei und es ist gefährlich, in der kalten Jahreszeit zu segeln), beschließen sie, zurückzukehren Tabor Islands, um eine Notiz in der Hütte zu hinterlassen. In der Notiz wollen sie Captain Glenarvan warnen, wenn er zurückkommt, dass Ayrton und fünf andere zerstörte Opfer auf einer Nachbarinsel auf Hilfe warten.
Siedler leben seit drei Jahren auf ihrer Insel. Ihr Leben, ihre Wirtschaft erreichten Wohlstand. Sie ernten bereits reichhaltige Weizenpflanzen aus einem einzigen Korn, das vor drei Jahren in Harberts Tasche gefunden wurde, bauten eine Mühle, züchteten Geflügel, rüsteten ihre Wohnung komplett aus und stellten sich aus Mufflonwolle neue warme Kleidung und Decken her. Ihr friedliches Leben wird jedoch von einem Vorfall überschattet, der sie mit dem Tod bedroht. Einmal, wenn sie auf das Meer schauen, sehen sie in der Ferne ein gut ausgestattetes Schiff, aber eine schwarze Flagge weht über dem Schiff. Das Schiff liegt vor der Küste vor Anker. Es zeigt schöne Langstreckenwaffen. Ayrton schleicht sich im Schutz der Nacht ins Schiff, um die Aufklärung durchzuführen. Es stellt sich heraus, dass sich fünfzig Piraten auf dem Schiff befinden. Ayrton rutscht auf wundersame Weise von ihnen weg, kehrt zum Ufer zurück und informiert seine Freunde, dass sie sich auf die Schlacht vorbereiten müssen. Am nächsten Morgen steigen zwei Boote vom Schiff ab. Am ersten schießen die Siedler drei, und sie kehrt zurück, das zweite landet am Strand und die sechs verbleibenden Piraten auf ihrem Versteck im Wald. Die Kanonen sind vom Schiff versengt und es kommt noch näher an die Küste. Es scheint, dass nichts die Macht hat, eine Handvoll Siedler zu retten. Plötzlich steigt eine riesige Welle unter dem Schiff auf und es sinkt. Alle Piraten darauf sterben. Wie sich später herausstellt, wurde das Schiff von einer Mine in die Luft gesprengt, und dieses Ereignis überzeugt die Bewohner der Insel schließlich davon, dass sie hier nicht allein sind.
Zunächst werden sie die Piraten nicht ausrotten und ihnen die Möglichkeit geben, ein friedliches Leben zu führen. Es stellt sich jedoch heraus, dass die Räuber dazu nicht in der Lage sind. Sie beginnen, die Haushalte der Siedler auszurauben und zu verbrennen. Ayrton geht zur Koralle, um die Tiere zu besuchen. Piraten packen ihn und bringen ihn in eine Höhle, wo sie ihn foltern wollen, um zuzustimmen, mit Folter auf ihre Seite zu treten. Ayrton gibt nicht auf. Seine Freunde helfen ihm, sind aber in Harberts Koralle schwer verletzt, und seine Freunde bleiben in ihm und können nicht mit dem jungen Mann zurückkehren, der im Sterben lag. Nach ein paar Tagen fahren sie immer noch zum Granitpalast. Infolge des Übergangs beginnt Harbert ein bösartiges Fieber, er ist im Tod. Wieder greift die Vorsehung in ihr Leben ein und die Hand ihres guten mysteriösen Freundes wirft ihnen die notwendige Medizin. Harbert erholt sich vollständig. Die Siedler beabsichtigen, den Piraten den letzten Schlag zu versetzen. Sie gehen zur Koralle, wo sie sie finden wollen, aber sie finden Ayrton, der erschöpft und kaum lebendig ist, und in der Nähe die Leichen von Räubern. Ayrton berichtet, dass er nicht weiß, wie er in der Koralle gelandet ist, die ihn aus der Höhle gebracht und die Piraten getötet hat. Er berichtet jedoch eine traurige Nachricht. Vor einer Woche gingen die Banditen zur See, aber da sie nicht wussten, wie sie den Bot kontrollieren sollten, brachen sie ihn an den Küstenriffen. Die Reise nach Tabor muss bis zum Bau eines neuen Fahrzeugs verschoben werden. In den nächsten sieben Monaten macht sich der mysteriöse Fremde nicht bemerkbar. Währenddessen erwacht auf der Insel ein Vulkan, den die Kolonisten für tot hielten. Sie bauen ein neues großes Schiff, das sie bei Bedarf in bewohntes Land bringen könnte.
Eines Abends, als sie sich schon fertig machen, um ins Bett zu gehen, hören die Bewohner des Granitpalastes eine Glocke. Der Telegraph, den sie von der Koralle zu ihrem Haus ausgegeben haben, funktioniert. Sie werden dringend in die Koralle gerufen. Dort finden sie eine Notiz, in der sie gebeten werden, den zusätzlichen Draht entlang zu gehen. Das Kabel führt sie zu einer riesigen Grotte, wo sie zu ihrem Erstaunen ein U-Boot sehen. Darin treffen sie ihren Meister und ihren Schutzpatron, Kapitän Nemo, den indischen Prinzen Dakkar, der sein ganzes Leben lang für die Unabhängigkeit seiner Heimat gekämpft hat. Er, bereits ein sechzigjähriger Mann, der alle seine Mitarbeiter begraben hat, ist dem Tode nahe. Nemo gibt neuen Freunden einen Sarg mit Juwelen und warnt davor, dass die Insel (so ist ihre Struktur) explodieren wird, wenn der Vulkan ausbricht. Er stirbt, die Siedler drehen die Luken des Bootes auf und senken es unter Wasser, und sie bauen das neue Schiff den ganzen Tag unermüdlich. Sie haben jedoch keine Zeit, es zu beenden. Alles Leben geht während der Explosion der Insel zugrunde, von der nur ein kleines Riff im Ozean übrig bleibt. Siedler, die die Nacht in einem Zelt am Ufer verbracht haben, werden von einer Luftwelle ins Meer geworfen. Mit Ausnahme von Jupe bleiben alle am Leben. Seit mehr als zehn Tagen sitzen sie am Riff, sterben fast vor Hunger und hoffen nicht mehr auf irgendetwas. Plötzlich sehen sie ein Schiff. Das ist Duncan. Er rettet alle. Wie sich später herausstellte, schwebte Kapitän Nemo, während der Bot noch intakt war, darauf zu Tabor und hinterließ den Rettern eine Notiz.
Freunde kehren nach Amerika zurück, um Schmuck zu kaufen, den Captain Nemo gespendet hat. Sie kaufen ein großes Stück Land und leben darauf genauso wie auf Lincoln Island.
